ファイルを全て上書きした後，fortex.macを起動してください．アップグレードが必要と判断した場合，アップグレード用のマクロを自動実行します．
fortex.mac → タイプセット → 設定 → 初期化等 → アップグレードで意図的にアップグレードさせることも可能です．